Ang pinakakaraniwang sanhi ng pyelonephritis ay ang mga kinatawan ng pamilyang Entembacteriaceae (gram-negative rods), kung saan ang Escherichia coli ay humigit-kumulang 80% (sa mga talamak na hindi komplikadong mga kaso); hindi gaanong karaniwang mga pathogen ay Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.