Ang causative agent ng tick-borne viral encephalitis ay kabilang sa genus ng flaviviruses. Ang virion ay spherical, 40-50 nm ang lapad, naglalaman ng RNA, at mahusay na nagpaparami sa maraming tissue culture. Sa mga hayop sa laboratoryo, ang mga puting daga, hamster, unggoy, at cotton rats ang pinaka-sensitibo sa virus. Maraming alagang hayop ang madaling kapitan ng tick-borne encephalitis virus.