Ang pagpapasiya ng mga antibodies sa microsomal fraction ng thyroid gland ay ginagamit upang masuri ang autoimmune thyroiditis at hypothyroidism, kung saan tumataas ang antas ng antibodies sa dugo. Ang mga antibodies sa thyroid microsome ay bumubuo ng mga immune complex sa ibabaw ng mga cell, nag-activate ng complement at cytotoxic lymphocytes, na humahantong sa pagkasira ng cell at pagbuo ng isang nagpapasiklab na proseso sa thyroid gland.